1871年（明治四年）7月，兵部省设立了陆军参谋局。次年2月，根据太政官公告，兵部省拆分为海军省和陆军省，陆军参谋局改为陆军省参谋局。1873年4月1日，陆军省参谋局改称第六局，1874年2月22日又改回原状。1875年6月18日改为陆军省直属机构，1878年12月改称参谋本部，从陆军省中独立出来，实现了军事行政与军令的分离。
1886年3月，参谋本部内分设海军部和陆军部，分别掌管海军和陆军的军令。1888年，海军部和陆军部分别改为海军参谋本部和陆军参谋本部，而陆海军全军参谋长称为参军。1889年，陆军参谋本部长改称参谋总长，设置海军参谋部负责海军军令。1893年5月制定的海军军令部条例（敕令第37号）规定，陆海军的军令部门（陆军的参谋本部和海军的军令部）在和平时期是对等的；而根据同年制定的战时大本营条例（敕令第52号），战时，海军军令权属于作为幕僚长的陆军参谋总长。1903年12月，根据修改后的战时大本营条例（敕令第293号），在战争时期，陆海军的军令部门也保持对等的地位。
1945年9月，美国占领当局废除了参谋本部。
日本陆海军军令机构的演变日期
陆军
海军
依据
明治四年（1871年）7月兵部省陆军参谋局兵部省职员令明治五年（1872年）2月陆军省参谋局太政官公告明治十一年（1878年）12月5日参谋本部参谋本部条例明治十七年（1884年）2月军事部历任长官
1889年以前
历任参谋部长官职务
姓名
军衔
上任时间
陆军参谋局都督山县有朋1871年9月12日陆军省参谋局都督山县有朋1872年4月5日第6局长空缺1873年4月1日第6局长鸟尾小弥太少将1873年6月19日1889年以后
历代参谋总长代
姓名
军衔
出身
就任
卸任
备注
1有栖川宫炽仁亲王大将皇族1889年3月9日1895年1月15日2小松宫彰仁亲王大将皇族1895年1月26日1898年1月20日3川上操六中将鹿儿岛1898年1月20日1899年5月11日4大山岩大将鹿儿岛1899年5月16日1904年6月20日组织构成内设机构
部长为中将或少将，课长为大佐或中佐，班长为中佐或少佐。
3.1.内设机构（废止时）
总务部总务课庶务班电报班主计官军医官教育课（第1课，昭和18年3月起课长兼任教育总监部第1课长）
第1部（部长兼任大本营兵站总监部参谋长）作战课（第2课）作战班战力班（昭和16年以前为兵站班）航空班（大正9年8月新设）战争指导班（第1班。昭和12年12月新设）防卫班（昭和18年10月新设）编制动员课（第3课，昭和20年4月起课长兼任陆军省军务局军事课长）编制班动员班资材班
第2部俄罗斯课（第5课）军备班兵要地志班文书谍报班（第10班）欧美课（第6课）美班英班法班德班地图班战况班支那（中国）课（第7课）支那班兵要地志班谋略课（第8课）总括班（第4班）谋略班（第11班）
第3部（课长兼任大本营运输通信长官）铁道船舶课（第10课。即运输课）通信课（第11课）本邦战史编纂部（昭和17年3月23日由支那事变史编纂委员会改称）
3.2.一度存在的机构
第4部（明治29年至昭和18年间）内国战史课（昭和11年与战史课整合）外国战史课（昭和11年与战史课整合）日俄战史编纂课（大正2年3月31日废止）战史课（第12课。昭和11年6月5日废止）战略战术课（第13课，昭和11年8月设。课长多由战史课长兼任）
第5部（明治32年至明治41年间）
3.3.直属机构（废止时）陆军大学校
陆军中野学校
陆地测量部
陆军气象部
总务部
总务课：庶务班、电报班、主计官、军医官
教育课（第1课，昭和十八年3月起课长兼任教育总监部第1课长）
第1部
（部长兼任大本营兵站总监部参谋长）作战课（第2课）：作战班、战力班（昭和十六年以前为兵站班）、航空班（大正九年8月新设）、战争指导班（第1班，昭和十二年12月新设）、防卫班（昭和十八年10月新设）
编制动员课（第3课，昭和二十年4月起课长兼任陆军省军务局军事课长）：编制班、动员班、资材班
第2部
俄罗斯课（第5课）：军备班、兵要地志班、文书谍报班（第10班）
欧美课（第6课）：美班、英班、法班、德班、地图班、战况班
支那（中国）课（第7课）：支那班、兵要地志班
谋略课（第8课）：总括班（第4班）、谋略班（第11班）
第3部
（课长兼任大本营运输通信长官）铁道船舶课（第10课。即运输课）
通信课（第11课）
本邦战史编纂部
（昭和十七年3月23日由支那事变史编纂委员会改称）一度存在的机构
第4部
（明治二十九年至昭和十八年间）内国战史课（昭和十一年与战史课整合）
外国战史课（昭和十一年与战史课整合）
日俄战史编纂课（大正二年3月31日废止）
战史课（第12课。昭和十一年6月5日废止）
战略战术课（第13课，昭和十一年8月设。课长多由战史课长兼任）
第5部
（明治三十二年至明治四十一年间）直属机构（废止时）
陆军大学校
陆军中野学校
陆地测量部
陆军气象部
