上海交通大学医学院前身是由圣约翰大学医学院(创建于1896年)、震旦大学医学院(创建于1911年)、同德医学院(创建于1918年)于1952年全国高等学校院系调整时合并而成的上海第二医学院1985年,更名为上海第二医科大学。1997年,学校通过了“211工程”立项。2005年7月18日,上海交通大学与上海第二医科大学合并,成立了由教育部、上海市人民政府重点共建的上海交通大学医学院,进入“985工程”高校行列。2010年11月,学院成为卫生部与教育部合作共建的第一批十个重点高校中的一员。
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