研究领域包括植物基因组学、蔬菜分子生物学和分子育种研究，主要致力于构建蔬菜全基因组设计育种的理论和方法体系，打通“从基因组到新品种”的技术通路。回国后先后主持了科技部、农业部和国家自然科学基金委项目10余项，担任
国家“973”项目“主要蔬菜重要品质性状形成的遗传机理与分子改良”首席科学家
，2012年获得国家杰出青年科学基金
资助。共发表SCI论文38篇和学报级论文40余篇，SCI论文累计影响因子280。其中以第一和通讯作者在Nature、Nature Genetics
、Plant Journal、Genetics、MPMI等杂志上发表SCI论文17篇。2005年获中国国家留学基金管理委员会颁发的“国家优秀留学生奖学金
”，2007年获“国家科技进步二等奖
”，2011年获得科技部颁发的“十一五国家科技计划执行优秀团队奖
”，2012年获得中国园艺学会颁发的“华耐园艺科技奖
”。在国际植物基因组学界具有较大的影响。担任国际黄瓜基因组计划的首席科学家，也是国际马铃薯基因组测序协作组执委和国际茄科基因组研究协作组织的共同主席。组织了Plant Genome Evolution Conference (2011，荷兰阿姆斯特丹)以及国际茄科和葫芦科基因组2011年联会(SOL&ICUGI 2011，日本筑波)。2009年受邀在美国康乃尔大学Boyce-Thompson植物研究所、加州大学戴维斯分校、威斯康星大学做黄瓜和马铃薯基因组研究报告，2011年受邀在美国植物生物学年会(ASPB 2011)做《马铃薯和黄瓜的基因组学研究进展》的大会报告。担任《Journal of Integrative Plant Biology》、《Euphytica》(国际植物育种学报)和《农业生物技术学报》编委。
人物履历1989.9-1996.7 中国农业大学农学与生物技术学院蔬菜学系（原北京农业大学园艺系蔬菜专业），获得学士和硕士学位。
1996.7-2000.9 中国农业科学院蔬菜花卉研究所，辣椒遗传育种，助理研究员。
2000.9-2005.2 荷兰瓦赫宁根大学植物育种系，马铃薯抗晚疫病基因研究，获得博士学位。
2005.2-2017.5 中国农业科学院蔬菜花卉研究所，研究员、博士生导师，任生物技术室室主任、功能基因课题组组长。
2017.5-中国农业科学院农业基因组研究所所长。
科研项目2013.1-2016.12 国家杰出青年科学基金（31225025）主持人
2012.1-2013.12 国家“973”项目“主要蔬菜重要品质性状形成的遗传机理与分子改良”（2012CB113900）项目首席科学家
2010.1-2011.12 国家“863”项目“黄瓜果实品质性状的基因组学研究”（2010AA10A108）主持人
2009.1-2011.12 国家自然科学基金面上项目“黄瓜性别决定M基因的克隆和表达分析”(30871707) 主持人
2009.1-2011.12 农业部“948”项目“国际黄瓜基因组计划” （2008-Z42）主持人
2007.1-2009.12 科技部国际科技合作重大项目“马铃薯生物信息学平台的建立和第11号染色体测序及比较基因组学研究” （2007DFB30080）首席科学家
2021年6月，中国科学家黄三文突破杂交马铃薯育种难题。[4]
2021年8月，中国农业科学院深圳农业基因组研究所研究员黄三文带领科研团队，创新理论和方法培育杂交马铃薯，用二倍体育种替代四倍体育种，并用杂交种子繁殖替代薯块繁殖。国际学术期刊《细胞》（Cell）在线发表了黄三文团队的研究成果，这是我国“优薯计划”实施以来取得的重大突破。[5]
研究内容1）蔬菜作物组学研究
是国际蔬菜基因组学领域的主要奠基人之一。2007年发起和组织了国际黄瓜基因组计划，在国际上首先尝试利用新一代DNA测序技术绘制植物基因组序列图，完成了黄瓜的基因组测序和生物学分析，重建了葫芦科作物染色体进化的路径，发现了苦味物质－葫芦素生物合成的基因簇，是我国园艺学科基础研究的重大突破。担任国际马铃薯基因组测序计划中方团队首席科学家，率领中方团队完成了单倍体马铃薯的基因组测序，实现了从参与到主导的跨越，并初步阐明了自交衰退、薯块发育的基因组学基础，被两院院士评为2011年度“
世界十大科技进展
”之一。此外参与组织了国际番茄、白菜和西瓜基因组计划。这些工作的成果先后发表在Nature Genetics（2009、2011、2012）和Nature（2011、2012），确立了我国在蔬菜基因组研究领域的国家优势地位
，提升了我国园艺学科基础研究的整体水平。在基因组序列图的基础上，组织国内外优势团队，开展了主要蔬菜全基因组遗传变异即变异组研究。目前已经完成115份黄瓜核心种质、300份番茄核心种质的重测序，各发掘了几百万个分子标记，绘制了黄瓜和番茄变异组图谱；绘制完成了3个马铃薯野生种的基因组序列图，发现栽培种与野生种基因组存在极大的等位变异。变异组图谱为蔬菜功能基因克隆和分子设计育种打下了坚实的基础，也有助于进一步巩固我国在蔬菜组学研究上的优势地位。
2）蔬菜全基因组设计育种
在黄瓜变异组的基础上，综合考虑SNP等位变异频率、亚群分布、连锁不平衡、基因组位置等多个因素，从400多万个标记中筛选了384个SNP标记，开发了背景选择SNP芯片，是蔬菜作物第一个SNP芯片。对5万多个回交组合的模拟表明，该芯片能够有效地在回交育种中选择优良亲本的遗传背景，将在黄瓜全基因组设计育种中发挥重要作用。
在基因组序列图的基础上，对黄瓜主要农艺性状的遗传机理进行了深入研究，共克隆和精细定位了24个性状基因和QTL，为设计育种提供了分子标靶。克隆了控制雌花乙烯合成的性别决定基因M。基本阐明了重要品质性状苦味形成的遗传和分子机理，发现苦味物质在叶片中合成，由Bi基因控制；果实苦味是苦味物质由叶片向果实运输的结果，由Bt基因控制；目前已克隆了Bi基因，Bt的候选基因也已经确定。
社会兼职2007.1.至今 《Euphytica》（国际植物育种学刊）编委
2009.9.至今 《农业生物技术学报》 编委
2009.6.至今 国际黄瓜基因组计划 首席科学家
2009.9.至今 国际茄科基因组研究联盟 执行委员
2007.9 至今 南京农业大学 兼职博士导师
2012.7 至今 西北农林科技大学 兼职教授
2011.8 至今 中央国家机关青联 委员
2013.10至今 云南省高端引进人才柔性引到云南师范大学
2020.3至今?《细胞》（Cell）杂志学术顾问委员[1]
科研奖励2012年，入选科技部中青年科技创新领军人才
2012年，获中国园艺学会颁发的“华耐园艺科技奖”团队奖
2011年，获科技部“十一五国家科技计划执行优秀团队奖”
2007年，获“国家科技进步二等奖”（甜、辣椒优异种质创新与新品种选育）
2005年，获“国家优秀自费留学生奖学金”，中国国家留学基金管理委员会颁发
2018年11月，获颁何梁何利基金科学与技术进步奖“生命科学奖”。
2019年1月8日获得国家自然科学奖二等奖，获奖项目《黄瓜基因组和重要农艺性状基因研究》，排名第一。
学术报告2011年 美国植物生物学学会年会（ASPB2012）
大会报告 《新一代基因组学和黄瓜生物学研究》
2011年 日本“科学、技术与社会论坛”年会（STS Forum）
大会报告 《用基因组学重新定义育种》
2012年 瑞士，第九届国际茄科基因组大会
大会报告 《番茄变异组研究》
论文发表1.
Sanwen Huang
*, Zhonghua Zhang, XingfangGu,…, Jun Wang, Songgang Li. The genome of the cucumber (Cucumis sativus L.).Nature Genetics
2009, 41:1275-1281 (*Corresponding author)2.The Potato Genome Sequencing Consortium. Genome sequence and analysis of the tuber crop potato.
Nature
2011, 475: 189-195 (*Sanwen Huang,
Corresponding author)3. The Tomato Genome Consortium. The tomato genome sequence provides insights into fleshy fruit evolution.
Nature
2012,485(7400):635-641. (*Sanwen Huang
, Principal investigator)4. ShaoguiGuo, et al., The draft genome of watermelon(Citrulluslanatus) and resequencing of 20 diverse accessions.
Nature Genetics
. 2012, doi:10.1038/ng.2470. (*Sanwen Huang
, Consortium organizer)5. TheBrassica rapa Genome Sequencing Project Consortium. The genome of the mesopolyploid crop speciesBrassica rapa.
Nature Genetics
. 2011, 43(10): 1035-1039. (*Principal investigator)6. Guangcun Li,
Sanwen Huang
*, Xiao Guo, Ying Li, Yu Yang, Zhen Guo, Hanhui Kuang, Hendrik Rietman, Marjan Bergervoet, Vivianne Vleeshouwers, Edwin van der Vossen, Richard Visser, Evert Jacobsen, Jack Vossen. Cloning and characterization ofR3b; Members of theR3 superfamily of late blight resistance genes show sequence and functional divergence.Molecular Plant-Microbe Interactions 2011,42 (10): 1132-1142（*co-first authors）7.Yonghua Han, Zhonghua Zhang, Chunxia Liu, Jinhua Liu,
Sanwen Huang
, Jiming Jiang, Weiwei Jin. Centromere repositioning in cucurbit species: Implication of the genomic impact from centromere activation and inactivation.PNAS
.2009, 106(35):14937-418.Zheng Li*,
Sanwen Huang
*, Shiqiang Liu, Junsong Pan, Zhonghua Zhang, Qianyi Tao, Qiuxiang Shi, ZhiqiJia, Weiwei Zhang, Huiming Chen, Longting Si, Lihuang Zhu, Run Cai. Molecular isolation of theM gene suggests a conserved residue conversion may cause a functional alteration leading to the display of a new phenotype in cucumber plants.Genetics
2009;182(4):1381-5（*co-first authors）9. Yi Ren, Zhonghua Zhang, Jinhua Liu, Jack E. Staub, Yonghua Han, Xuefeng Li, Jingyuan Lu, Han Miao, BingyanXie, XingfangGu, Yongchen Du, Weiwei Jin*,
Sanwen Huang
*. Integrated genetic and cytogenetic map of the cucumber genome.PLoS One
. 2009,4(6):5795. (*corresponding authors)10. Miles R. Armstrong, Stephen C. Whisson, Leighton Pritchard, …,
Sanwen Huang
, Sophien Kamoun, Jim L. Beynon, and Paul R. J. Birch. An ancestral oomycete locus contains late blight avirulence gene Avr3a, encoding a protein that is recognized in the host cytoplasm.PNAS
2005 102 (21): 7766-7771.11.
Sanwen Huang
, Edwin A.G. van der Vossen, Hanhui Kuang, Vivianne G.A.A. Vleeshouwers, Ningwen Zhang, Theo J.A. Borm, Herman J. van Eck, Barbara Baker, Evert Jacobsen and Richard G.F. Visser. Comparative genomics enabled the isolation of theR3a late blight resistance gene in potato.Plant Journal
2005 42(2): 261-271.12.
Sanwen Huang*
, Vleeshouwers, VGAA, Werij JS, Hutten RCB, van Eck HJ, Visser RGF, and Jacobsen E. TheR3 resistance to Phytophthorainfestans in potato is conferred by two closely linked R genes with distinct specificities.Molecular Plant-Microbe Interactions
2004, 17: 4, 428-435.(corresponding author)代表性著作1． Genetics, Genomics and Breeding of Cucurbits. 2011. Science Publishers. Chapter 11
2． Genetics, Genomics and Breeding of Tomato. 2012. Science Publishers. Chapter 10
3． The discovery and characterization of the major late blight resistance complex in potato. 2005. Wageningen University Press. ISBN 9085041805
所获荣誉2020年5月30日，第二届全国创新争先奖奖状获奖者。[2]
2020年10月13日，中共深圳市委、深圳市人民政府表彰其为“深圳经济特区建立40周年创新创业人物和先进模范人物”。[3]
2021年8月，入选2021年中国科学院院士增选初步候选人名单。[6]
