天命元年（1616年），后金势力迅速扩张，与明形成对峙。努尔哈赤认为，刚刚崛起的后金要与大明抗衡，就必须与邻近的漠南蒙古联盟。努尔哈赤利用漠南蒙古内部分裂的弱点，采取了恩威并施的方针。对漠南蒙古的东部科尔沁和内喀尔喀等部落联合争取，凡率部归顺的一律从优款待，给以官职，并采取联姻的政策，试图把漠南蒙古纳入后金的管辖范围。天命十年（1625年），察哈尔部林丹汗发兵进攻科尔沁蒙古，努尔哈赤派兵前往救援，解救了危机。此后，蒙古科尔沁等部便脱离察哈尔汗管辖，主动归顺后金，成为努尔哈赤的属臣。
清代蒙古诸部
皇太极上台后，为吸引更多蒙古部落前来归顺，巧妙利用蒙古各部落反抗察哈尔暴政的契机，采用政治斗争和军事打击的双重手段，进一步孤立察哈尔汗，使后金与蒙古各部落缘由的简单联盟，最终演变成政治、军事的全面同盟。清太宗就说过：“臣于诸国，慑之以兵，怀之以德，四境敌国，归附甚众…乃着，朝鲜素未输城，今已称弟纳贡；喀尔喀五部举国来归；喀尔沁、土默特以及阿录诸部落，无不臣服。察哈尔兄弟，其先归者半，后察哈尔携其余众，避我西奔，未至汤古忒部落，殂于西喇卫古尔部落打草滩地，其执政大臣率所属尽来归附。今为敌者，惟有明国耳。”后金收服蒙古后，蒙古对清朝的入主中原也有提供了巨大帮助。清太祖努尔哈赤曾说过：“满洲、蒙古，语言虽异，而衣食起居，无不相同，兄弟之国也”。可见，他一直都把蒙古当做自己对抗明朝的有力盟友。在努尔哈赤去世前，漠南蒙古的科尔沁、扎莱特、杜尔伯特、郭尔罗斯四部已先后和后金站在一起共同抗明。到顺治初年，清与漠南蒙古诸部的关系发展的非常快。赏赐、联姻频频实行，进一步密切了与漠南蒙古之间的关系，赢得了漠南蒙古的大力支持。正如魏源所说：“世祖当草创初，冲龄践乍，中外帖然，繄蒙古外戚扈戴之力”。在清朝统一全国后，蒙古也一直与清朝保持着良好的臣属关系，并以蒙古作为其驻守北部边疆的藩障。康熙帝说：“帝王治天下，自有本原，不专恃险阻。秦筑长城以来，汉、唐、宋亦常修理，其实岂无边患？明末，我太祖统大兵长驱直入，诸路瓦解，皆莫敢当。可见，守国之道，惟在修德安民，民心悦则邦本得，而边境自固，所谓众志成城”“柔远能迩之道，汉人全不理会。本朝不设边防，以蒙古部落为之屏藩耳。”
康熙帝说：“朕阅经史，塞外蒙古多与中国抗衡，自汗。唐、宋、明，历代俱被其害，而克宣威蒙古，并令归心如我朝者，未之有也”。由此可见，后金与蒙古既是臣属，又互为重要战略合作伙伴，长期保持着良好关系，这点为理藩院的诞生提供了大的历史环境。
直接原因崛起于东北的满族首领努尔哈赤，起兵反明后，实力渐增，天命四年（1619年）萨尔浒之战，努尔哈赤大败明军。努尔哈赤扬言：“不要幻想汉人政权是永久的，我是暂时的”， “南京、北京、汴京本非一人所居之地，乃女真、汉人轮流居住之地”，反映了他入主中原的愿望。皇太极即位后，欲得中原的心情更为迫切。满洲首领把进攻明朝、夺取中央政权定位基本政策，对明朝构成了巨大威胁。
漠南蒙古
当时，除了 中原地区的农民军外，明朝、满洲首领和漠南蒙古形成了鼎足之势。在明政府和满洲首领之间，漠南蒙古地理位置很重要，是缓冲地带。漠南蒙古的向背，直接影响明朝政府和满洲首领力量的消长。满洲首领为了消除进取中原的后顾之忧，决心争取和控制漠南蒙古。皇太极曾说：“取燕京如伐大树，须先从两旁斫削，则大树自仆 。清代理藩院的设置的目的，正是为满足满洲首领为“砍倒”明朝这颗大树，以便进取中原而采取的战略措施，也是满洲首领为进取中原而与漠南蒙古关系发展的必然趋势。从一定意义上来说，理藩院就是为满洲首领为了更好得控制和管理蒙古所设，目的是为了更快地进取中原。历史沿革蒙古衙门努尔哈赤
努尔哈赤去世前，漠南蒙古科尔沁、扎莱特、特尔波特、郭尔罗斯四部已经归顺，但是由于当时还存在察哈尔和林丹汗的力量，漠南蒙古诸多 部落又未归顺，努尔哈赤设置专管蒙古行政机构条件还不成熟。从以科尔沁为首的蒙古诸部落归顺后金至天聪五年（1631年），后金一直未设立管理其他民族的统治机构。天聪五年（1631年）六月，皇太极设立吏、户、礼、兵、刑、工六部，各部中均设蒙古承政一员，负责处理有关蒙古的事务。至崇德元年（1636年），漠南蒙古归顺清朝，其管理事物也越来越多。此时，各部的承政已经远不能满足管理蒙古事务的需要，于是，于“崇德元年，设蒙古衙门，置承政、参政各官。” “以尼堪和塔布囊达雅齐为承政，令置若干参政”，负责蒙古各部的编旗、会盟、赏赐、司法等事务。至此，理藩院的前身蒙古衙门正式创立。“蒙古衙门初设时，有承政三四员，其余皆为参政，官止二等”。蒙古衙门的创立不仅使清朝有了管辖蒙古事务的专门机关，其作为理藩院的前身也对日后理藩院的发展和壮大有着重大意义。正如《清史稿》所述“理藩一职，历古未有专官，唯周官大行人差近之。秦汉以降，略存规制。遐荒绝漠，统治王官，为有清创制。”崇德三年（1638年）更名理藩院。可见，理藩院开创了专管少数民族机构的先河。
职能完善顺治元年（1644年），改置理藩院尚书、侍郎；顺治十六年（1659年），定以礼部尚书兼掌院事，侍郎衔协理院事。顺治十八年（1661年），定官制同六部，理藩院尚书亦入议政之列，班居工部之后。[1]顺治十八年（1661年）正月，康熙帝即位后，清朝统治者认为：理藩院专管外藩事务，责任重大，“今作礼部所属，于旧制未合。嗣后不必兼礼部衔，仍称理藩院尚书、侍郎，其印文亦著改正铸给 。同年八月设立理藩院四司，即录勋司、宾客司、柔远司、理刑司。九日，又以康熙帝名义晓谕吏部：“理藩院职司外藩王、贝勒公主等事及礼仪刑名各项，责任重大，非明朝可比，凡官制体统应与六部相同，理藩院尚书照六部尚书，入议政之列。该衙门向无郎中，今著照六部，设郎中官”。吏部于是议定：“理藩院”应增设各司郎中共十一员，员外郎共二十一员”，“理藩院尚书衔名列于工部之后 。
康熙四十年（1701年），理藩院柔远司划分为柔远前司和柔远后司。理藩院在雍正年间曾酌量增加一些办事人员。雍正帝即位初曾以廉亲王胤禩为理藩院尚书，又命裕亲王保泰办理理藩院事务，此即“以王公大学士兼理院事 。雍正七年（1730年）十一月，根据雍正帝“八旗游牧地方，甚属紧要”的谕示，理藩院又设置了巡按游牧御史。雍正十年（1732年），又复设满洲笔帖式十七人，蒙古笔帖式十四人，分隶各司。
乾隆二十二年（1757年），理藩院组织机构趋于完善，改录勋司为典属司，宾客司为王会司，柔远后司为旗籍司，柔远前司仍为柔远司。清政府平定霍集占兄弟叛乱后，乾隆二十六年（1761年），乾隆帝又谕示军机大臣：“理藩院专管蒙古事务，尚可兼办回部。著将理藩院五司内派出一司，专办回部事务”。于是，理藩院司属机构再行调整，并旗籍、柔远为一司增设徕远司专管回部事务。乾隆二十七年（1762年）闰五月，鉴于原徕远、旗籍“两司所办事件各有不同，若责成不专，恐办理日久，不免桝错弊” ，旗籍、柔远仍分为两司。乾隆二十九年（1764年），因旗籍司、典属司“就其执掌、按之司名，究亦未符” ，便再次改典属司为旗籍司，其旧旗籍司仍为典属司。至此，理藩院共设旗籍、王会、典属、柔远、徕远、理刑等六司及其他单位。此组织形态，迄清末法制改革为止未有改变。
康乾时期是清朝统一多民族国家历史发展中风云激荡的年代。这一时期，清王朝中央政权加强了和蒙古、新疆、西藏等少数民族居住地区的联系，各民族之间的的交往日益密切。同时，噶尔丹、阿睦尔撒纳、大小和卓相继反清或叛清。理藩院作为清王朝管理少数民族地区事务的中央机构，在康乾时期，正是在处理错综复杂的民族事务中，在解决清中央政权和少数民族的关系中逐渐发展和日益完善的。所以，康乾时期理藩院组织机构的发展变化，和清王朝统一多民族国家的巩固发展息息相关。日益完善的理藩院机构，又促进了清朝统一多民族国家的巩固和发展。
后期发展嘉庆（1796年—1820年）时期直至宣统三年（1911年）辛亥革命爆发，理藩院人事和建制经历了频繁变革。嘉庆四年（1799年）裁掉满洲郎中、员外郎各一人。嘉庆七年（1802年）木兰围场隶热河都统。道光十四年（1834年）添设喇嘛印务处贴写笔帖式二人，学习笔帖式四人。
晚清理藩院的另一大变化，表现在丧失了对俄国的外交职能。在咸丰八年（1858年）《天津条约》签订后，清廷便丧失了对俄的外交职能。《天津条约》规定“嗣后两国不必由萨纳特衙门及理藩院行文，由俄国总理各国事务大臣，或径行大清之军机大臣，或特派之大学士，往来照会”。从此，俄国照会专送清朝军机处，不再通过理藩院。此时理藩院处理对俄事务的职能已大为削弱，但还未丧失殆尽。
总理各国事务衙门
理藩院对俄国交涉职能的 全部丧失，是在清朝政府成立“总理衙门”之后。《北京条约》签订后，西方列强希望清廷能设立一个专门负责外交事务的中央机构，英国使馆秘书威妥玛就曾表示清朝“如能设立专办外国事处地方，则数十年求之不得”。当时清政府正处于内忧外患的穷迫中，内有太平天国起义，外有列强瓜分，而当时慈禧等领导人认为攘外必先安内，于是决定向列强妥协，于咸丰十一年（1861年）设立了总理衙门。总理衙门统办清朝对外通商和交涉问题，其内部组织中的俄国股负责与俄国的陆路通商、边防疆界、礼宾庆典诸事。总理衙门的设置，也标志着理藩院外交职能的全部丧失。光绪三十二年（1906年）9月1日，光绪帝发布上谕宣布预备立宪以挽救风雨飘渺的清王朝。谕中认为，要改变“政令积久相仍，日处陆险，优患迫切”的局面，惟有“仿行宪政”，而“廓清积弊，明定责成，必从官制入手。”不久，光绪帝奉慈禧懿旨，再次发布上谕，宣布正式厘订中央新官制，“理藩院著改为理藩部。 ”光绪三十三年（1907年），清廷提出了理藩部组织机构的调整计划，欲将满档房、汉档房、俸档房、督催所等合并，改为领办处；蒙古学扩充为藩言馆，以培养精通蒙语的人才；司务厅、当月处、银库、饭银处、喇嘛印务处均“一仍旧制”，采取原来的制度。光绪三十四年（1908年）因蒙古来觐见王公多年不居住内外馆，内外馆监两职被裁撤。宣统三年（1911年），清政府内阁官制改组，成立责任内阁，理藩部与其它部一样，尚书改称大臣，侍郎改称副大臣。
理藩院改为理藩部，是“清末新政”中“改革官制”的一个环节。表面看来是实施新政，实则清廷在内忧外患中的一项无奈之举。改定官制后的理藩部和之前的理藩院实质上并未有所区别。原理藩院旗籍、典属、王会、柔远、徕远、理刑六司的职掌也并未变化，其改变只不过是把理藩院的“院”字改成了“部”字。光绪末年理藩院组织机构的变化，是清政府对抗人民革命运动、延缓清王朝的政权寿命而采取的众多措施中的一环。显然，这种变化在性质上和清代前期的历次变化是不同的，也并未取得任何积极效果。
撤销过程辛亥革命爆发后，清朝覆灭，理藩部机构也随之瓦解。民国元年（1912年）清帝退位后，理藩部改为蒙藏院，由内蒙古郡王贡桑诺尔布任总裁。
民国三年（1914年），袁世凯废除《中华民国临时约法》，颁布了《中华民国约法》，蒙藏事务局也随之改为蒙藏院。民国十六年（1927年），国民政府成立于南京，正式组成五院制国民政府。在最高行政机关行政院下，设蒙藏委员会，代替从前的蒙藏院，掌管蒙古、西藏行政及其他各项事务。从此，理藩院也彻底退出了历史的舞台。
职能划分行政职能管理会盟
清朝蒙古地区存在着许多“盟”和“旗”，他们既是政权组织，又是军事组合和社会组织。每旗设札萨克（旗长）等官员管理，一旗或数旗合为一盟，设盟长和副盟长。这就是盟旗制度，盟旗制度是满洲贵族创建的八旗制度的形式，充实以蒙古族缘由的社会制度具体内容的产物。清政府通过理藩院管辖各盟旗。盟旗制度下的盟指的是会盟制度。清政府规定，一旗或多旗合为一盟，在指定地点会盟。每盟设盟长一人，办理会盟事务。盟长由本盟内札萨克中选人，上报理藩院，由理藩院任命人选，颁给印信。会盟的主要内容为“理清刑名，编审丁籍”，会盟的礼节十分隆重，届时清政府要派大臣带随行官员前往。
漠南蒙古各盟，盟长各于所属三年一会。雍正六年（1728年），漠南蒙古每盟增设副盟长一人，协同盟长办事。喀尔喀蒙古（漠北蒙古），从雍正三年（1725年）开始，清政府不再派大臣参加，而由西宁办事大臣负责把会盟情况转报理藩院查核，“如各盟长有违例不公事件，一经告发，或别经参奏，由院再行奏请特派大臣前往办理 。清朝以理藩院管理蒙古族各部的盟旗，目的是加强对蒙古族各部的统治，在客观上有利于蒙古族社会的稳定，从而维护中央政府的统治。
稽查户丁
稽查户丁是理藩院为掌管地区人口和满足兵源的一项行政职能。按照《理藩院则例》之规定，蒙古地区十八至六十岁皆应登记入册。每隔三年一次稽查，先由理藩院请旨，发给各旗空白造册，再由各旗首领其将三年内裁添人丁数目详细登记载入，在十月内报理藩院。
在编审比丁时，隐瞒户口之事常有发生，故《理藩院则例》规定，内外札萨克各旗审丁时，数目开载不全，后虽声明，仍照隐丁例办理。隐瞒比丁分别惩罚。如有隐瞒人丁情况发生，不仅要扣管旗之亲王、郡王、贝勒、贝子、公、札萨克台吉、塔布囊三个月俸禄，还要将被隐瞒的人丁记录在案。不慎漏计人丁的，对漏记人及相关者都要处以罚畜的惩罚，并且奖励举报人。
征收税款
理藩院还具有征收税款职能。边疆少数民族地区的税款征收原本是由地方官办理的，但由于地方官征收的标准和数量难以统一，乾隆帝决定把征税职权收归中央，由理藩院派专员前往征税。乾隆十七年（1752年）准奏：“八沟东西二街税银，于乾隆十四年（1749年）奏准交地方官征收。东街所征各项税银，每年赏给喀喇沁札萨克王等，养赡穷乏蒙古。今该札萨克呈报东西二街税银，该地方官征收多寡不一，请将赏给东街税银，仍照旧例交该旗自行征收。其事难行。惟是各处收税，均设专官经理，今八沟初定收税章程，交地方官永远办理，二街税银，难免参差，蒙古人心，亦不能遵服。应将地方官征收之处停止，于本院司官内简选干员，拟定正陪引见，前往征税，所收税银，于十分内赏给该旗三分，以为养赡蒙古之用。”
卡伦和驿站管理
清代蒙古各部曾设置许多卡伦和台站。在领导体制方面，在中央机构中，主要由理藩院进行管理，具体地说，理藩院旗籍掌考漠南蒙古地区，典属负责漠北、漠西蒙古地区、满档房负责派往管理驿站的官员；同时，亦以兵部协助理藩院负责监督检查。
清代蒙古地区的驿道称为台站。因区域不同，清代蒙古台站可分为漠南蒙古、漠西蒙古和漠北蒙古三部分，他们是在清朝多民族国家发展的不同时期逐渐形成的。康熙中期，为迅速平定噶尔丹内乱，更具转运物资和传递军报的需要，清政府在漠南蒙古地区开始大规模设置官方固定驿站。康熙三十一年（1692年），康熙帝谕示：为“不致迟延误事”，“设立驿站”。康熙三十一年（1692年）三月，由理藩院尚书班迪等前往漠南蒙古亲自筹划。
军事职能理藩院大臣早在顺治时期就已经参政议政，康乾时期更是参与军事行动的策划工作。参与多伦会盟、平定准噶尔叛乱等一系列国家军政大事的筹划工作。在雍正年间，理藩院侍郎佛保被授为内阁学士。乾隆时理藩院尚书纳延泰先为军机大臣，继则又兼议政大臣；理藩院尚书索林、侍郎庆桂或任库伦办事大臣，或为伊犁参赞大臣。
理藩院对各盟旗下的军用物资定期进行简约管理，乾隆四十年（1775年）议定：“内札萨克六盟各旗兵丁军装器械，每三年一次，该盟长等会集点检有无残缺，及兵丁驼马数目，造具细册，声明报院核查办理。”对于军器的买卖，也不得私下进行，都要报理藩院并由理藩院开具出口信票后才能进行交易。康熙二年（1663年）题准：“蒙古人买军器带往者，令札萨克王、贝勒、贝子、公等，详开某佐领下某人、买何器械、数目若干，具文差官报院。不差官不详开者，不准给出口信票。” “蒙古王、贝勒、贝子、公等，欲向归化城买马驼者，报院转奏请旨，本院给印文令往，不得擅刑。”
司法职能司法职能是理藩院的又一重大职能，据记载：“臣院综理内外蒙古、回部事务，凡蒙古、回部升降袭替、户婚田土、年班朝觐、仓粮军政以及议处议叙，并命盗案件，均关紧要。” 《乾隆朝会典》中也规定“青海、厄鲁特、西藏、准噶尔之地，咸入版图，其封爵、会盟、屯防、游牧诸政事，厥有专司。可见，作为管理边疆民族特别是蒙古、回疆及西藏事务的中央机构，理藩院管辖着蒙古、回疆和西藏地区的民事、行政和刑事等各项案件。
理藩院是清代蒙古及回疆地区的上诉机构，掌管着一般的刑事、民事案件，对于大多数的普通案件来说，其具有终审权。顺治八年（1652年）理藩院奏请获准“外藩蒙古人有讼，赴各管旗王、贝勒等处申告，若审理不结，令协同会审旗分之王、贝勒等公同审讯，仍不结，王等遣送赴院。”这表对于民事案件，理藩院具有独立的终审权。
理藩院的秋审权与其他民事、刑事案件的管辖权有所不同，与重大命案需要三法司会审式案件的管辖权也有所不同，由于秋审本身具有一定的象征意义，所以理藩院的秋审权也更多的是一种形式主义。关于理藩院所管辖少数民族区域的秋审案件，均由理藩院会同九卿进行秋审复核。
外交职能理藩院的外交职能，主要是兼管位于西北两方陆路上合清朝相邻国家的外交事务，例如安集延、马儿格朗、霍罕、巴达克山等。其中，理藩院处理和俄国的关系，在其外交事务中占有重要内容。理藩院管理对俄事务，主要包括三个方面：协调两国的外交关系，负责两国的贸易往来，管理在京的俄国人员。
在清朝前期，在对俄交涉中理藩院处理了许多比较重大的事件。康熙十五年（1676年）五月，沙俄政府派遣尼果赖使团到达北京。在使团进入中国东北境内时，清政府的代表针对沙皇俄国的侵略行径，向尼果赖严正指出“你们的人为数达三百人之多，直到最近还武装侵犯我国边境的村屯，图谋掳掠人口和进行洗劫 。尽管尼果赖拒绝清政府提出的停止领土侵略的要求，清政府还是给他以礼遇。同时，理藩院晓谕他“尔主欲通和好，应将本朝通逃根武木尔遣还，另简使臣，遵中国礼行，方许照常贸易 。在尼果赖返回俄国后五、六年间，沙俄对黑龙江流域的侵范由上游扩及到中、下游地区和额尔古纳河东岸，康熙二十二年（1683年）秋，康熙帝谕理藩院尚书阿穆瑚琅说：“鄂罗斯国罗刹等，无端犯我索伦边嘘，扰害良人，肆行抢称，妥魁根成木尔等逃人，过恶日甚” ，“尔院即遵旨，明白具文，选招降罗刹内宜番、米海罗莫罗对，执书晓谕，彼有何言，令其回奏”。说明理藩院对于俄罗斯对中国北境进行侵略渗透时，是具有具体交涉和研究俄国事务的作用的。理藩院遵照康熙谕旨，拟文派遣俄俘往雅克萨等处投递。
宗教职能清朝统治者从皇太极到乾隆，一向对喇嘛教采取利用态度，作为麻醉人民的精神鸦片，为巩固其封建政权服务，正如昭梿所说：“国家宠幸黄僧，并非崇奉其教，以祈福祥也。袄以蒙古诸部敬信黄教已久，故以神道设教，藉仗其徒，使其诚心归附，以障藩离。”清朝统治者在利用喇嘛教方面采取了笼络喇嘛教上层人士和修建喇嘛庙两种措施，并以对喇嘛加以恩惠的手段控制当地人民。理藩院管理喇嘛事务，主要包括：
（1）登记造册喇嘛呼毕勒罕。“凡喇嘛有行者，能以神识转生于世，日呼毕勒罕。”所有喇嘛都是由呼毕勒罕转生而来，需经理藩院登记。
（2）掌管金瓶掣签。达赖、班禅既是西藏的行政长官，又是宗教领袖，死后被认为还要转生，由死时的出生婴儿（灵童）继承职位。由于制度不严，往往出现数个“灵童”，引起继承权之争。加之大农奴主往往操控此事，积弊甚深。清政府为解决这一矛盾，规定凡出现两个以上“灵童”，便采取金瓶抽签的方法，中签“灵童”为合法继承人，这就是“金瓶掣签”制度。理藩院负责对金瓶掣签的掌管，以维护达赖、班禅转生的合法性。
（3）办理喇嘛的朝觐，在京喇嘛的等级考核、职位升降、调补以及修建寺庙等。
其他职能乾隆年间，由清政府所建的喇嘛教寺院由理藩院负责，当时理藩院负责管理的40座寺院，有32座建在北京；在承德避暑山庄的有12座（溥仁寺、溥善寺、普宁寺、普佑寺、安远庙、普乐寺、普陀宗乘之庙、广安寺、殊像寺、罗汉堂、须弥福寿之庙、广缘寺）也归理藩院进行管理。其中，罗汉堂、广安寺、普乐寺三个庙，朝廷“向未安设喇嘛”，由内务府管理；而溥仁寺、溥善寺、安远庙、广缘寺、普佑寺、普宁寺、须弥福寿之庙、普陀宗乘之庙、殊像寺9座庙设8个管理机构（普佑寺附属于普宁寺）由朝廷派驻喇嘛，京师理藩院管理并逐月按人数由理藩院发放饷银，清正史文献将这9座寺庙称“外庙”，后俗称“外八庙”，这也就是现在承德避暑山庄外八庙的由来。
部门设置理藩院分院司两级，院部有尚书、左右侍郎和额外侍郎为最高领导，下属机构有六司一厅三房，即旗籍清吏司、王会清吏司、典属清吏司、柔远清吏司、徕远清吏司、理刑清吏司六司；司务厅；满档、蒙古、汉档三房；还有机关服务机构，入银库、当月处、饷银处和督摧处；此外有附属机构内馆、外馆、俄罗斯馆等。对地方的派出机构，设有神木理事司员、宁夏理事司员、热河都统衙门、理事司员等十二司员。理藩院内除众多完备的辅助机构外，还置有民族语言学校，如唐古特学，掌教习唐古特藏文，翻译藏文章奏文稿。拖忒学，掌翻译托忒文字，由唐古特学习业助教兼管。蒙古官学，掌教习蒙文，培养蒙文翻译。
中央理藩院设尚书满洲一人，左右侍郎满洲各一人，额外侍郎蒙古一人。尚书是理藩院的最高领导，管理院内一切事实：“掌外藩之政令，制其爵禄，定其朝会，正其刑罚。尚书侍郎率其属以定议，大事之上，小事则行，以布国之威德”。 “尚书掌内外藩蒙古、回部及诸藩部，制爵禄，定朝会，正刑罚，控驭抚绥，以固邦翰”，“侍郎二之”，[1]即侍郎仅次于尚书，是理藩院的第二领导。
六司旗籍清吏司
郎中满洲三人蒙古一人，员外郎满洲三人，蒙古四人，承办札萨克事务：其一，执掌内札萨克的地域事务，内札萨克即漠南蒙古有二十四部、四十九旗。其二，还掌握蒙古各部的封爵事务；其三，理清蒙古各部谱系；其四，执掌蒙古部众会盟，设置盟长、副盟长各一人，由札萨克请简；其五，军旅邮传；其六，也管理游牧各部内属的部众，归化城土默特、黑龙江布特哈都归属其管理。[2]
札萨克即旗长，内蒙古有二十四部、四十九旗。爵分六等：亲王、郡王、贝勒、贝子、镇国公、辅国公。旗籍司承办漠南蒙古（内蒙古）二十四部封爵、会盟及为归化城、鄂伦春、索伦除授官校等事。
王会清吏司
郎中满洲蒙古各一人，员外郎满洲三人，蒙古二人。具体执掌内札萨克的典礼事宜，主要是朝觐、贡献等仪式。王会司初称宾客司，主要承办漠南蒙古各部王公的朝觐、赐禄等事。
典属清吏司
郎中满洲蒙古各一人，员外郎满洲五人，蒙古四人。主要承办喀尔喀四部落，西藏、青海等地民族事务，属外札萨克事务，其具体职责是：其一，考核外札萨克各部旗的封爵事务；其二，管理各部盟会；其三，设置邮驿，颁发屯田、互市的政令；其四，兼管游牧部族内属的部众。[2]
柔远清吏司
郎中满洲一人，员外郎满洲二人，蒙古三人，主事蒙古一人。也系外札萨克事务，掌治外札萨克部众，只要是喇嘛、番僧、禄廪、朝贡等事务，他们的朝觐、典礼事务都需要管理。
徕远清吏司
郎中蒙古一人，员外郎满洲蒙古各二人，主事满洲蒙古各一人。主要负责回疆事务，即新疆哈密、吐鲁番地区的民族事务，其具体职责为：掌回部札萨克的政令，他们回番的时候都要管理，还参与藩部的朝贡。
理刑清吏司
郎中满洲蒙古各一人，员外郎满洲蒙古各三人，主事满洲一人。掌蒙古、其他少数民族以及回部的刑狱争讼，负责内外札萨克以及回疆的刑事案件。
其他
银库，郎中、员外郎、司库满洲各一人，库使、笔贴式满洲各二人。执掌金银出纳。
下属司务厅：司务满洲蒙古各一人，题署主事满洲三人，蒙古五人。掌院吏员、通事、差役事务，收内外札萨克及各省督抚衙门文书；
蒙古翻译房：员外郎、主事各一人。掌蒙文翻译及蒙文题本事件；
满档房：堂主事满洲一人，蒙古三人，笔贴式满洲四人，蒙古六人，经承四人。掌院奏折及人事；
汉档房：堂主事满洲汉人各一人，笔贴式满洲七人、蒙古六人，经承三人，校正汉文官二人，掌缮写题本及翻清译汉与保管档案；
饭银处：司员满洲蒙古各一人，帖写书吏一人，掌本院额定出入饭银及其他经费开支；
俸档房：堂主事满洲蒙古各一人，笔贴式满洲蒙古各四人，掌全院官员额定俸银俸米开支等事；
当月处：由各司郎中、员外郎、主事轮流值班，掌收在京衙门文书；
督催所：满蒙司员各一人，笔贴式十六人，经承二人，掌稽查全院文移、注销等事；
唐古特学：司业，助教各一人，笔贴式蒙古四人，教习唐古特文字（藏文），翻译藏文章奏文稿；
内外馆：稽查监督二人，管理来京蒙古人；
俄罗斯馆：助教满洲汉人各一人，监督、提调官、领催各一人，管理俄罗斯在京商人、传教士、学生诸事；
托忒学：由唐古特学司业、助教兼管，另设学务司员二人，教授拖忒文字；
蒙古官学：助教一人，学务司员、教习各二人，教习蒙文，培养蒙文翻译等；
喇嘛印务处：掌印大喇嘛一人，看守印务德木齐四人，负责京师地区等喇嘛事务；
则例馆：纂修官四人，校对官八人，翻译官、誊写官各十人，负责修纂《理藩院则例》。
民族立法理藩院例则康乾时期，草原民族的事务，尤其是蒙古事务比较繁忙。为此，清政府于乾隆五十四年（1789年）制定了《蒙古则例》，但由于当时的历史条件，到嘉庆初年已经不能适用。于是，在嘉庆二十年（1815年），理藩院向朝廷奏报加以修改。《理藩院则例》是清朝治理蒙古族和西北地区其他少数名族的综合性民族法规，但据《理藩院则例》原修则例原奏，清初很久一段时间内并没有刊版《理藩院则例》。顺治、康熙年间，理藩院有旧例209条，但多系远年成例及军政会盟诸款，不是则例。乾隆五十四年（1789年），理藩院奏旨修编则例。因人员不足，未能成行，故该院办理事件，仍多援引稿案本。嘉庆十六年（1811年）四月十八日，理藩院奏请增订则例，鉴于“旧有满洲蒙古汉字则例二百九条自乾隆五十四年（1789年）校订后迄今二十余载，所有钦奉谕及大臣等陆续条奏事件俱末经纂入颁行”，特“请将自乾隆五十四年以来应行纂入案件增修纂入，永远遵行……予限三年告竣”。
《钦定理藩院则例》共64卷713条，分作“通例”和“旗”两大部分。通例仅上、下两卷，而旗分有五十门，名称如下：旗分、品秩袭职上下、职守、设官、奖惩、比丁、地亩、仓储、征赋、俸银俸缎、廪给上下、朝觐、贡输、宴赉上下、扈从事例上中下、仪制、印信、婚礼、赐祭、旌表、优恤、军政、会盟、邮政上中下、边禁、人命、强劫、偷窃上下、发冢、犯奸、略买略卖、首告、审判、罪罚、入誓、疏脱、捕亡、监禁、递解、留养、收赎、遇赦、违禁、限期、杂犯、喇嘛事例一至五、西藏通制上下、俄罗斯事例。
《理藩院则例》的制定，是清朝管理边疆地区的法律依据，提供了用法制管理少数民族事务的成功经验。
钦定回疆则例《钦定回疆则例》是除《理藩院则例》外理藩院制定的另外一部重要法律，其适用范围主要是回疆地区。在理藩院修订《理藩院则例》的同时，于嘉庆十六年（1811年）理藩院又上奏清帝：“查得臣院承办回疆事件内所有钦奉谕旨及臣工条奏积案繁多，未便颁发遵行。”后经嘉庆谕准，开始编纂《回疆则例》。嘉庆十九年（1814年）修成后，嘉庆二十年（1815年）刊刻，下令理藩院“应刷颁发回疆等处，永远遵行 。之后到道光年间，由于张格尔叛乱暴露出众多问题，清政府不得不对《回疆则例》进行调整，于道光十七年（1837年）做了修纂，直到道光二十二年（1842年），才正式由政府颁行。
《钦定回疆则例》由原奏和正文两部分组成。原奏详细说明了编纂、修订的缘由和刊印、颁行的具体过程。正文八卷，主要内容涉及关于伯克制的任免、执掌、品秩、编制、待遇、升迁、回避、朝觐等规定，维吾尔回子王公、四川土司、哈萨克部、布鲁特部及浩罕等番的朝觐、爵位承袭、贡献、廪给，回疆的驻军、屯田、货币、度量衡、婚姻、服饰等方面的制度也作出了或简或繁的规定。《回疆则例》中，涉及行政法有79条，刑法30条，经济、诉讼法等25条。
作用意义理藩院对于清朝的统治有着重大意义。正如康熙帝所说：“理藩院专管外藩实务，责任重大”。秦汉至明代，中央政府管理藩属地区的机构，有典客、鸿胪卿负责接待藩属来使的朝贺，由吏部、户部、兵部分管藩属的其余事务，在中央政府并没有统一管理藩属诸事务的机构。“理藩一职，历古未有专官，唯周官大行人差近之。秦汉以降，略存规制。遐荒绝漠，统治王官，为有清创制。”[1]
理藩院的设置，使得清朝中央政权有了统一管理藩属事务的机构。它不仅与六部并列，而且管理院务大臣在满人中“特简大学士为之”[1]，其地位远在六部尚书之上。《清史稿》中说“明之藩卫，虚有名字，盖未可以同年而语”[3]，这不仅表明了清朝对理藩院的重视，也说明了清政府对藩属地区的管理，比清代以前确实是有效加强了。
首先，理藩院的设立及其对少数民族的管辖对清军入关及其之后统一全国起到不可忽略的作用。明朝的腐败导致这一时期国家分裂，战乱不止。在当时，统一为大势所趋，人民所想。清朝之所以能完成统一大业，除了军事因素外，还有与少数民族采取同盟政策的政治因素。清朝把漠南蒙古作为其可靠的政治后援和同门，并设立蒙古衙门加以管理，为其统一扫除后患，奠定基础。理藩院设立后，清朝立即遣官前往，“稽户口，编牛录，漱庶狱，颁法律，禁奸究”。不仅有利于维持蒙古地区的秩序，也安定了其后方，使之可以一心对抗即将没落的明朝。同时，清政府通过理藩院对蒙古地区的管理，与蒙古结成政治和军事同盟，这对清朝统一全国的意义重大，如果没有理藩院，清朝的入关一统也不会来的如此顺利。
其次，理藩院促进和巩固了清代多民族国家的发展。清代是中国历史上又一次民族大融合时期，国家在此时期快速发展，理藩院作为历朝历代的首个专管少数民族事务的中央机构，将维护统一的功能发挥的淋漓尽致。康熙二十五年（1686年）四月，当喀尔喀蒙古土谢图、札萨克图两汗发生冲突后，理藩院出面调停，促使其“尽释旧怨”，“交相揖睦，共享升平 。在噶尔丹发生叛乱后，理藩院立即将情况如实上奏，并负责安排喀尔喀蒙古各部生计，维持当地秩序。理藩院安排组织下的“多伦会盟”，使中国北部边疆得以安定。正如康熙帝说“昔秦兴土石之工，修筑长城。我朝施恩于喀尔喀，使之防备朔方，较长城更为坚固”。不可否认，没有理藩院的有效管理，就没有中国北部边疆的安定有序。这又为粉碎噶尔丹叛乱活动和抵御沙俄入侵提供了条件。理藩院自顺治到乾隆年间，其机构不断增加和完善，分工逐步细致，职能愈发全面，从行政到刑事、民事；从管理朝觐到司法、军事均经过一个长期的发展过程，这对维护少数民族尤其是蒙古地区的稳定起到了非同小可的作用，在维持少数民族地区的发展和中央政权的稳定的同时，也促进了多民族国家的融合统一。
再次，理藩院在清朝前期充分发扬了大国本色，抵制了沙俄的侵略扩张，维护了清王朝的国家主权和统一。在沙俄屡犯中国边境的情况下，理藩院多次出面交涉，代表清政府指斥沙俄的侵略行径，为雅克萨之战的胜利和驱逐沙俄侵略者准备了条件，维护了中华民族的尊严和中国的主权。
最后，理藩院的民族立法为清朝管理边疆地区提供了法律依据和用法制管理少数民族事务的成功经验，充分显示了一个多民族的统一国家在民族立法方面所取得的成就，对这一时期边疆地区的安定和对民族法律学发展做出了巨大贡献。
历任长官理藩院尚书任数任职人员任职时间类别卸任时间备注1留保住乾隆五十年六月九日（1785.7.14）任嘉庆元年三月二十六日（1796.5.3）因病休致2乌尔图纳逊嘉庆元年三月二十六日（1796.5.3）任嘉庆二年三月十九日（1797.4.15）缘事革职3惠龄嘉庆二年三月十九日（1797.4.15）任嘉庆四年六月十二日（1799.7.14）缘事降兵部右侍郎4乌尔图纳逊嘉庆四年六月十二日（1799.7.14）任嘉庆六年五月三十日（1801.7.10）休致5额勒登保嘉庆六年五月三十日（1801.7.10）任嘉庆七年二月十四日（1802.3.17）调西安将军未及时赴任，时带兵剿匪理藩院左侍郎任职人员任职时间类别卸任时间备注1堃岫光绪三十二年九月二十一日（1906.11.7）任光绪三十四年四月二十五日（1908.5.24）调乌里雅苏台将军2达寿光绪三十四年四月二十五日（1908.5.24）调宣统三年七月八日（1911.8.31）署资政院副总裁3荣勋宣统三年七月八日（1911.8.31）署4达寿宣统三年九月二十六日（1911.11.16）裁缺九月二十六日任理藩部大臣理藩院右侍郎任职人员任职时间类别卸任时间备注1恩顺光绪三十二年九月二十一日（1906.11.7）任宣统三年九月二十六日（1911.11.16）裁缺
