2000年改名《植物遗传资源科学》，共出版3年12期，发表论文近120万字。2002年11月8日国家科学技术部批准《植物遗传资源学报》创刊，主办单位变更为中国农业科学院和中国农学会。2003年办理了期刊出版许可证和ISSN国际统一刊号，重新设计封面，并改开本为大16开，页码增加到96页。2006年主办单位变更为中国农业科学院作物科学研究所和中国农学会，页码增加到128页。2007年对封面作了重新设计，内页全部为铜版纸印刷。 2002年第一届编委会成立，编委会组成后，由正副主任轮流担任各期的责任主编，在刊物质量方面严格把关。2006年第2届编委会成立，并于11月17日召开了第一次会议，编委会主任万建民、顾问董玉琛和主编刘旭在会上讲话，对学报的发展寄予厚望。
经过编辑部全体工作人员的共同努力，《植物遗传资源学报》在稿件数量和质量方面都有较大提高，2003年被科技部西南信息中心“中文科技期刊数据库”收录，被中国科学技术信息研究所和北京万方数据股份有限公司“万方数据-数字化期刊群”全文收录，被“中国核心期刊(遴选)数据库”收录；入选“中国学术期刊综合评价数据库”统计源期刊。
2004年公开发行，同年荣获全国优秀农业期刊学术类二等奖，影响因子0.323。
2005年度影响因子0.872，被《中国生物学文摘》和中国生物学文献数据库收录。
2006年荣获全国农业期刊金犁奖学术类二等奖；影响因子0.873；被中国学术期刊文摘（中文版）收录。
2007年影响因子0.941。
2007年2月被中国科学院文献情报中心、中国科学引文数据库收录为中国科学引文数据库(CSCD)核心期刊；6月被中国科学技术信息研究所收录为中国科技核心期刊（中国科技论文统计源期刊）。
2008年进入全国中文核心期刊。
2009年进入中国科技核心期刊和全国中文核心期刊，影响因子已达到1.015。
获奖情况第五届全国农业期刊金犁奖学术类二等奖
第四届全国优秀农业期刊学术类贰等奖
收录情况全国中文核心期刊
中国科技核心期刊
全国优秀农业期刊
中国科学引文数据库(CSCD)核心期刊
中国核心期刊(遴选)数据库期刊
中国科技期刊数据库
中国生物学文摘
中国学术期刊综合评价数据库统计源期刊
编委会《植物遗传资源学报》编委会
顾 问：卢永根 李振声 洪德元 盖钧镒 傅廷栋 董玉琛 戴景瑞
主 任：万建民
副主任：刘 旭 王述民 卢宝荣 孙日飞 孙其信 张天真 张爱民
编 委：万建民 马峙英 王力荣 王天宇 王汉中 王坤波 王述民 王晓鸣
王道文 邓秀新 卢宝荣 伍晓明 刘 旭 刘根泉 刘耀光 孙日飞
孙其信 江用文 余懋群 张天真 张学勇 张爱民 李立会 李先恩
李洪杰 李锡香 杜雄明 辛志勇 邱丽娟 陈成斌 陈学森 宗绪晓
罗利军 柯卫东 钟广炎 晏月明 袁汉民 贾继增 顾万春 黄璐琦
曹永生 喻树迅 揭雨成 程式华 韩龙植 韩建国 靳晓白 黎志康
戴陆园
主 编：刘 旭
副主编：常汝镇 郑殿升 王象坤
编辑部主任：刘根泉
责任编辑：陈丽娟 赵晓彦 王秀利 英文审校：赵晓彦
报道内容本刊报道内容：大田作物、同艺作物、观赏植物、药用植物、林木、牧草及其他一切经济植物的有关遗传资源基础理论研究、应用研究方面的研究报告、学术论文和高水平综述或评论。
论文范例1、棉花资源收集、保存、评价与利用现状及未来
2、玉米种质资源对六种重要病虫害的抗性鉴定与评价
3、繁殖群体量及隔离对蚕豆种质遗传完整性的影响
4、基于地高辛标记对小麦进行Southern杂交分析主要影响因素的优化和验证
5、小麦品种资源耐盐性鉴定
6、76份特用甘薯种质资源的鉴定评价
7、冀鲁豫花生育成品种的遗传多样性分析
8、茶梅品种资源的收集保存、鉴定评价及种质创新
9、不同温度条件下高粱温敏雄性不育系冀130A育性变化规律及花粉败育研究
10、云南红花种质资源主要农艺性状的遗传多样性分析
11、肉质色不同萝卜遗传多样性的SSR分子标记分析
12、河北省冬小麦丰产抗旱性表型鉴定指标分析
13、不同生态区罂粟种质的遗传多样性ISSR分析
14、基于染色体片段导入系发掘抗玉米丝黑穗病主效QTL
15、盐芥谷胱甘肽过氧化物酶基因(ThGPX6)的克隆及表达分析
投稿须知1、文稿应资料可靠、数据准确、规范，文责自负。来稿在3000字符以上，每版字符数在2000字以内，2版面4000内(含空格不包含图表)。来文随附作者单位、邮编、电话、电邮等个人信息。
2、姓名在文题下按序排列，排列应在投稿时确定，同时注明作者单位名称及邮政编码。来稿严格按学术论文格式要求，附有摘要、关键词、注释、参考文献等。
3、论文涉及的课题如取得国家或部、省级以上专项基金或攻关项目，用黑体字加圆括号标注，置于正文后、注释或参考文献前。
4、为缩短刊出周期和减少错误，来稿一般采取电子文档。文档名请作者设为作者姓名，以便查阅。
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6、本刊所发论文将为中国学术期刊网全文数据库(CNKI 中国知网)、万方数据数字化期刊群、中国学术期刊(光盘版)全文收录期刊。
